独家｜pytorch模型性能分析和优化-轻识

   
    
     
      
       
        翻译：林立锟
        校对：zrx
       
      
     
    
   
   
    
     
      
       

      
     
     
      
       
        
         本文约6700字，建议阅读10分钟
         本文介绍了pytorch模型性能分析和优化。‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍‍

照片由 Torsten Dederichs 拍摄，上传到 Unsplash

训练深度学习模型，尤其是大型模型，可能是一笔昂贵的开支。性能优化是我们降低成本的主要方法之一。性能优化是一个迭代过程，在这个过程中，我们不断寻找提高应用程序性能的机会并加以利用。在以前的文章中，我们强调过使用适当工具进行分析的重要性。工具的选择可能取决于多种因素，包括训练加速器的类型（如GPU、HPU 或其他）和训练框架。

性能优化流程（来自作者）

这篇文章的重点是在 GPU 上使用 PyTorch 进行训练。具体地说，我们将关注PyTorch内置性能分析器、 PyTorch Profiler 以及查看其结果的方法之一，即 PyTorch Profiler TensorBoard 插件。

这篇文章并不是要取代关于PyTorch Profiler 或使用 TensorBoard 插件分析剖析器结果的PyTorch官方文档。我们的目的是演示如何在日常开发过程中使用这些工具。事实上，如果您还没有阅读过官方文档，我们建议您在阅读这篇文章之前先阅读一下官方文档。

一段时间以来，我一直对 TensorBoard-plugin 教程感兴趣。该教程介绍了一个基于 Resnet 架构的分类模型，该模型是在流行的Cifar10 数据集上训练的。接下来，它将演示如何使用PyTorch Profiler 和 TensorBoard 插件来识别和修复数据加载器的瓶颈。输入数据管道中的性能瓶颈并不罕见，我们在以前的一些文章中已经详细讨论过。教程中令人惊讶的是最终（优化后）结果（截至本文撰写时），我们将其粘贴在下面：

‍‍‍

优化后的性能（摘自 PyTorch 网站)

如果仔细观察，你会发现优化后的 GPU 利用率为 40.46%。现在，没有任何办法来粉饰这一点：这些结果绝对惨不忍睹，应该让你彻夜难眠。正如我们在过去所阐述的， GPU 是训练机中最昂贵的资源，我们的目标应该是最大限度地提高其利用率。40.46% 的利用率通常代表着训练加速和成本节约的重要机会。当然，我们可以做得更好！在本博文中，我们将尝试做得更好。首先，我们将尝试重现官方教程中介绍的结果，看看能否使用相同的工具进一步提高训练性能。

简单示例

下面的代码块包含由 TensorBoard-plugin 教程中定义的训练循环，并做了两处小修改：

我们使用了一个假数据集，其属性和行为与教程中使用的 CIFAR10 数据集相同。这一改变的动机可在此处找到。

我们初始化我们初始化初始化时，预热标志设置为 3，重复标志设置为 1。我们发现，热身步骤数的轻微增加提高了结果的稳定性。


import numpy as np          import torch          import torch.nn          import torch.optim          import torch.profiler          import torch.utils.data          import torchvision.datasets          import torchvision.models          import torchvision.transforms as T          from torchvision.datasets.vision import VisionDataset          from PIL import Image          


class FakeCIFAR(VisionDataset):              def __init__(self, transform):                  super().__init__(root=None, transform=transform)                  self.data = np.random.randint(low=0,high=256,size=(1,000,032,323),dtype=np.uint8)                  self.targets = np.random.randint(low=0,high=10,size=(10000),dtype=np.uint8).tolist()          


    def __getitem__(self, index):                  img, target = self.data[index], self.targets[index]                  img = Image.fromarray(img)                  if self.transform is not None:                      img = self.transform(img)                  return img, target          


    def __len__(self) -> int:                  return len(self.data)          


transform = T.Compose(              [T.Resize(224),               T.ToTensor(),               T.Normalize((0.5, 0.5, 0.5), (0.5, 0.5, 0.5))])          


train_set = FakeCIFAR(transform=transform)          train_loader = torch.utils.data.DataLoader(train_set, batch_size=32,                                                      shuffle=True)          


device = torch.device("cuda:0")          model = torchvision.models.resnet18(weights='IMAGENET1K_V1').cuda(device)          criterion = torch.nn.CrossEntropyLoss().cuda(device)          optimizer = torch.optim.SGD(model.parameters(), lr=0.001, momentum=0.9)          model.train()          


# train step          def train(data):              inputs, labels = data[0].to(device=device), data[1].to(device=device)              outputs = model(inputs)              loss = criterion(outputs, labels)              optimizer.zero_grad()              loss.backward()              optimizer.step()          


# training loop wrapped with profiler object          with torch.profiler.profile(                  schedule=torch.profiler.schedule(wait=1, warmup=4, active=3, repeat=1),                  on_trace_ready=torch.profiler.tensorboard_trace_handler('./log/resnet18'),                  record_shapes=True,                  profile_memory=True,                  with_stack=True          ) as prof:              for step, batch_data in enumerate(train_loader):                  if step >= (1 + 4 + 3) * 1:                      break                  train(batch_data)                  prof.step()  # Need to call this at the end of each step

教程中使用的 GPU 是 Tesla V100-DGXS-32GB。在这篇文章中，我们尝试使用包含 Tesla V100-SXM2-16GB GPU 的Amazon EC2 p3.2xlarge 实例重现并改进教程中的性能结果。虽然它们采用相同的架构，但这两种 GPU 之间存在一些差异。您可以在此处了解这些差异。我们使用 AWS PyTorch 2.0 Docker 映像运行了训练脚本。训练脚本的性能结果显示在TensorBoard 查看器的预览页面中，如下图所示：

TensorBoard Profiler 概述选项卡中显示的基线性能结果（作者截图）

首先，我们注意到，与教程相反，我们实验中的概述页面（torrent-tb-profiler 0.4.1 版）将三个步骤合并为一个。因此，整个步骤的平均时间是 80 毫秒，而不是报告中的 240 毫秒。从跟踪选项卡（根据我们的经验，跟踪选项卡几乎总能提供更准确的报告）中可以清楚地看到这一点，其中每个步骤耗时约为80毫秒。

TensorBoard Profiler 跟踪视图选项卡中显示的基线性能结果（作者截图）

请注意，我们的起点（31.65% 的 GPU 利用率和 80 毫秒的步进时间）与教程中介绍的起点（分别为 23.54% 和 132 毫秒）有所不同。这可能是包括 GPU 类型和 PyTorch 版本在内的训练环境不同造成的。我们还注意到，教程的基线结果将性能问题明确诊断为数据加载器的瓶颈，而我们的结果并非如此。我们经常发现，数据加载瓶颈会伪装成 "概览 "选项卡中"CPU 执行 "或 "其他 "的高百分比。

优化 #1：多进程数据加载

首先，让我们按照教程中的描述使用多进程数据加载。鉴于Amazon EC2 p3.2xlarge 实例有 8 个 vCPU，我们将数据加载器工作者的数量设置为 8，以获得最高性能：

train_loader = torch.utils.data.DataLoader(train_set, batch_size=32,                                          shuffle=True, num_workers=8)

优化结果如下：

TensorBoard Profiler 概述选项卡中的多进程数据加载结果（作者截图）

只需修改一行代码，GPU 利用率就提高了 200% 以上（从31.65% 提高到 72.81%），训练步骤时间缩短了一半以上（从80 毫秒缩短到 37 毫秒）。

教程中的优化过程到此为止。虽然我们的 GPU 利用率（72.81%）比教程中的结果（40.46%）高出不少，但我毫不怀疑，你也会像我们一样，觉得这些结果仍不尽如人意。

作者评论：试想一下，如果 PyTorch 在 GPU 上训练时默认应用多进程数据加载，那么全球可以节省多少钱？诚然，使用多进程可能会有一些不必要的副作用。不过，一定有某种形式的自动检测算法可以运行，以排除潜在的问题场景，并相应地应用这种优化。

优化#2：固定内存

如果我们分析一下上次实验的跟踪视图，就会发现大量时间（37 毫秒中的 10 毫秒）仍然花在将训练数据加载到 GPU上。

跟踪视图选项卡中的多进程数据加载结果（作者截图）

为了解决这个问题，我们将应用 PyTorch 推荐的另一种优化方法来简化数据输入流，即固定内存。使用固定内存可以提高主机到 GPU 数据拷贝的速度，更重要的是，我们可以将它们异步化。这意味着我们可以在 GPU 中准备下一个训练批次，同时在当前批次上进行训练。要注意的是，虽然异步化处理可以优化性能，但他可能会降低时间测量的精度。在本博文中，我们将继续使用 PyTorch Profiler 报告的测量结果。更多详情以及固定内存的潜在副作用，有关如何精确测量的说明，请参见此处。请参阅 PyTorch 文档。

这一优化需要修改两行代码。首先，我们在数据加载器中把pinn_memory置为 True。

train_loader = torch.utils.data.DataLoader(train_set, batch_size=32,                                     shuffle=True, num_workers=8, pin_memory=True)

然后，我们将主机到设备的内存传输（在训练函数中）修改为non-blocking：

inputs, labels = data[0].to(device=device, non_blocking=True), \                           data[1].to(device=device, non_blocking=True)

固定内存优化后的结果显示如下：

TensorBoard Profiler 概述选项卡中的固定内存结果（作者截图）

现在，我们的 GPU 利用率达到了 92.37%，步进时间进一步缩短。但我们还可以做得更好。请注意，尽管进行了优化，但性能报告仍然显示我们在将数据复制到 GPU 上花费了大量时间。我们将在下文第 4 步中再次讨论这个问题。

优化 #3：增加batch大小

在下一步优化中，我们将关注上次实验中的 "内存视图"：

TensorBoard Profiler 中的内存视图（由作者截图）

图表显示，在 16 GB 的 GPU 内存中，我们的峰值利用率不到1 GB。这是一个资源利用率不足的极端例子，通常（但不总是）表明有机会提高性能。控制内存利用率的方法之一是增加批次大小。在下图中，我们显示了当批处理大小增加到 512（内存利用率增加到 11.3 GB）时的性能结果。

在 TensorBoard Profiler 概述选项卡中增加批次大小的结果（作者截图）

虽然GPU 利用率没有太大变化，但我们的训练速度却大幅提高，从每秒 1200 个样本（批量大小为 32 时为 46 毫秒）提高到每秒 1584 个样本（批量大小为 512 时为 324 毫秒）。

注意:与我们之前的优化相反，增加批次大小可能会对训练应用程序的行为产生影响。不同的模型对批量大小变化的敏感程度不同。有些模型可能只需要对优化设置进行一些调整。而对于其他模型，调整到大的批次规模可能会更加困难，甚至不可能。请参阅上一篇文章，了解大批量训练所面临的一些挑战。

优化 #4：减少主机到设备的复制‍‍

您可能注意到了,在我们之前的结果中，饼状图中代表主机到设备数据拷贝的红色大块。要解决这种瓶颈，最直接的方法就是看能否减少每批数据的数量。请注意，在图像输入的情况下，我们将数据类型从 8位无符号整数转换为 32 位浮点数，并在执行数据复制之前进行归一化处理。在下面的代码块中，我们建议对输入数据流进行修改，将数据类型转换和归一化推迟到数据进入 GPU 后进行：

# maintain the image input as an 8-bit uint8 tensor          transform = T.Compose(              [T.Resize(224),               T.PILToTensor()               ])          train_set = FakeCIFAR(transform=transform)          train_loader = torch.utils.data.DataLoader(train_set, batch_size=1024, shuffle=True, num_workers=8, pin_memory=True)          


device = torch.device("cuda:0")          model = torch.compile(torchvision.models.resnet18(weights='IMAGENET1K_V1').cuda(device), fullgraph=True)          criterion = torch.nn.CrossEntropyLoss().cuda(device)          optimizer = torch.optim.SGD(model.parameters(), lr=0.001, momentum=0.9)          model.train()          


# train step          def train(data):              inputs, labels = data[0].to(device=device, non_blocking=True), \                               data[1].to(device=device, non_blocking=True)              # convert to float32 and normalize              inputs = (inputs.to(torch.float32) / 255. - 0.5) / 0.5              outputs = model(inputs)              loss = criterion(outputs, labels)              optimizer.zero_grad()              loss.backward()              optimizer.step()

由于这一改变，从 CPU 复制到 GPU 的数据量减少了 4 倍，碍眼的红色块也几乎消失了：

在 TensorBoard Profiler 概述选项卡中减少 CPU 到 GPU 副本的结果（作者截图）

现在，我们的 GPU 利用率达到了 97.51%（！！）的新高，训练速度达到了每秒 1670 个采样点！让我们看看我们还能做些什么。

优化 #5：将梯度设置为无

现阶段我们似乎已经充分利用了 GPU，但这并不意味着我们不能更有效地利用它。据说有一种流行的优化方法可以减少 GPU 中的内存操作，那就是在每个训练步骤中将模型参数梯度设置为 "无 "而不是零。请参阅 PyTorch 文档了解有关该优化的更多详情。要实现这一优化，只需将 optimizer.zero_grad 调用的 set_too_none 设置为 True：

optimizer.zero_grad(set_to_none=True)

在我们的例子中，这种优化并没有在提高我们的性能方面有意义。

优化 #6：自动混合精度

GPU 内核视图显示 GPU 内核的活动时间，是提高 GPU 利用率的有用资源：

TensorBoard Profiler 中的内核视图（由作者捕获）

这份报告中最明显的一个细节是没有使用 GPU Tensors Corses。Tensor Cores，是矩阵乘法的专用处理单元,且可用于较新的 GPU 架构，它可显著提升人工智能应用的性能。缺乏使用张量核意味着这可能是一个重大的优化机会。

由于张量核是专为混合精度计算而设计的，因此提高其利用率的一个直接方法就是修改我们的模型，使其使用自动混合精度（AMP）。在 AMP 模式下，模型的部分内容会自动转换为精度较低的 16 位浮点数，并在 GPU 张量核上运行。

重要的是，请注意 AMP 的全面实施可能需要梯度缩放，而我们的演示并不包括这一点。在调整之前，请务必查看混合精度训练的相关文档。

下面码块演示了为启用 AMP 而对训练步骤进行的修改。

def train(data):              inputs, labels = data[0].to(device=device, non_blocking=True), \                               data[1].to(device=device, non_blocking=True)              inputs = (inputs.to(torch.float32) / 255. - 0.5) / 0.5              with torch.autocast(device_type='cuda', dtype=torch.float16):                  outputs = model(inputs)                  loss = criterion(outputs, labels)              # Note - torch.cuda.amp.GradScaler() may be required                optimizer.zero_grad(set_to_none=True)              loss.backward()              optimizer.step()

下图显示了对“张量核心”利用率的影响。虽然它继续表明还有进一步改进的机会，但仅凭一行代码，

利用率就从 0% 跃升至26.3%。

TensorBoard Profiler 内核视图中使用 AMP 优化的张量核利用率（作者截图）

除了提高张量核心利用率外，使用 AMP 还能降低 GPU 内存利用率，从而腾出更多空间来增加批次大小。下图展示了 AMP 优化后的训练性能结果，其中批量大小设置为 1024：

TensorBoard Profiler 概述选项卡中的 AMP 优化结果（作者截图）

虽然 GPU 利用率略有下降，但我们的主要吞吐量指标却进一步提高了近 50%，从每秒 1670 个样本提高到 2477 个。我们的优化正在发挥作用！

注意：降低部分模型的精度可能会对其收敛性产生重大影响。与增加批量大小的情况一样（见上文），使用混合精度的影响因模型而异。在某些情况下，使用 AMP 几乎基本不会改变2。其他情况下，您可能需要花更多精力来调整autoscaler。还有一些时候，您可能需要明确设置模型不同部分的精度类型（即手动混合精度）。

有关使用混合精度作为内存优化方法的更多详情，请参阅我们之前的相关博文。

优化 #7：在图形模式下进行训练

我们将应用的最后一项优化是模型编译。与 PyTorch 默认的急切执行模式（每个 PyTorch 操作都会 "急切地 "运行）相反，编译 API 会将你的模型转换成中间计算图，然后以对底层训练加速器最优的方式编译成底层计算内核。有关 PyTorch 2 中模型编译的更多信息，请查看我们之前发布的相关文章。

以下代码块演示了应用模型编译所需的更改：

model = torchvision.models.resnet18(weights='IMAGENET1K_V1').cuda(device)          model = torch.compile(model)

模型编译优化的结果显示如下：

TensorBoard Profiler 概述选项卡中的图形编译结果（作者截图）

模型编译将我们的吞吐量进一步提高到每秒 3268 个采样点，而之前实验中为每秒 2477 个采样点，性能提高了 32%（！！）。

图形编译改变训练步骤的方式在 TensorBoard 插件的不同视图中非常明显。例如，"内核视图 "显示使用了新的（融合的） GPU 内核，而 "跟踪视图"（如下图所示）显示的模式与我们之前看到的完全不同。

TensorBoard Profiler 跟踪视图选项卡中的图形编译结果（作者截图）

临时成果

我们在下表中总结了一系列优化的结果。

性能结果总结（作者）

通过使用 PyTorch Profiler 和 TensorBoard 插件进行迭代分析和优化，我们将性能提高了 817%！

我们的工作完成了吗？绝对没有！我们实施的每一次优化都会发现新的潜在性能改进机会。这些机会以释放资源的形式出现（例如，转向混合精度使我们能够增加批量大小），或者以新发现的性能瓶颈的形式出现（例如，我们的最终优化发现了主机到设备数据传输的瓶颈）。此外，还有许多其他众所周知的优化形式，我们在本篇文章中并未尝试（例如，请参见此处和此处）。最后，新的优化库（例如我们在第 7 步中演示的模型编译功能）不断发布，进一步实现了我们的性能提升目标。正如我们在导言中强调的，要充分利用这些机会，性能优化必须成为开发工作流程中迭代和持续的一部分。

总结

在这篇文章中，我们展示了简单模型性能优化的巨大潜力。虽然您还可以使用其他性能分析器，它们各有利弊，但我们还是选择了 PyTorch Profiler 和 TensorBoard 插件，因为它们易于集成。

我们需要强调的是，根据培训项目的具体情况，包括模型结构和训练环境，成功优化的途径会有很大不同。在实践中，实现目标可能比我们在这里介绍的例子更加困难。我们介绍的某些技术可能对性能影响甚微，甚至会使性能下降。我们还注意到，我们所选择的精确优化方法以及应用它们的顺序有些随意。我们强烈建议您根据自己项目的具体细节开发自己的工具和技术，以实现优化目标。

机器学习工作负载的性能优化有时被视为次要的、非关键的和令人厌烦的。我希望我们能够成功地说服您，节省开发时间和成本的潜力值得您在性能分析和优化进行投入。而且，嘿嘿，您甚至可能会觉得这很有趣:)。

下一个是?

这只是冰山一角。性能优化的内容远不止这些。在本篇文章的续篇中，我们将深入探讨 PyTorch 模型中非常常见的一个性能问题，即在 CPU 而不是 GPU 上运行了过多的计算量，而开发者往往对此并不知情。我们还鼓励您查看我们在 medium 上发布的其他文章，其中很多都涉及机器学习工作负载性能优化的不同要素。

原文标题：

PyTorch Model Performance Analysis and Optimization

原文链接：

PyTorch Model Performance Analysis and Optimization | by Chaim Rand | Towards Data Science

编辑：王菁

校对：林亦霖

译者简介

作者简介

林立锟，香港城市大学计算数学本科，数据科学爱好者，对数学和计算机特别感兴趣，尤其是两者的结合部分特别感兴趣。兴趣是打羽毛球，以及琢磨一些奇奇怪怪的学习工具。希望能够通过自己的努力，将一些更优质的文章，更有价值的内容分享给读者，让大家在学习数据科学时能够更加顺利！

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