Docker 疑难杂症汇总（一）
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2022-04-11 10:22
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这里主要是为了记录在使用 Docker 的时候遇到的问题及其处理解决方法。
1. Docker 迁移存储目录
默认情况系统会将 Docker 容器存放在 /var/lib/docker 目录下
[问题起因] 今天通过监控系统，发现公司其中一台服务器的磁盘快慢，随即上去看了下，发现 /var/lib/docker 这个目录特别大。由上述原因，我们都知道，在 /var/lib/docker 中存储的都是相关于容器的存储，所以也不能随便的将其删除掉。
那就准备迁移 docker 的存储目录吧，或者对 /var 设备进行扩容来达到相同的目的。更多关于 dockerd 的详细参数，请查看官方文档。
但是需要注意的一点就是，尽量不要用软链， 因为一些 docker 容器编排系统不支持这样做，比如我们所熟知的 k8s 就在内。
# 发现容器启动不了了
ERROR：cannot create temporary directory!
# 查看系统存储情况
$ du -h --max-depth=1
[解决方法 1] 添加软链接
# 1.停止docker服务
$ sudo systemctl stop docker
# 2.开始迁移目录
$ sudo mv /var/lib/docker /data/
# 3.添加软链接
$ sudo ln -s /data/docker /var/lib/docker
# 4.启动docker服务
$ sudo systemctl start docker
[解决方法 2] 改动 docker 配置文件
# [方式一] 改动docker启动配置文件
$ sudo vim /lib/systemd/system/docker.service
ExecStart=/usr/bin/dockerd --graph=/data/docker/
# [方式二] 改动docker启动配置文件
$ sudo vim /etc/docker/daemon.json
{
"live-restore": true,
"graph": [ "/data/docker/" ]
}
[操作注意事项] 在迁移 docker 目录的时候注意使用的命令，要么使用 mv 命令直接移动，要么使用 cp 命令复制文件，但是需要注意同时复制文件权限和对应属性，不然在使用的时候可能会存在权限问题。如果容器中，也是使用 root 用户，则不会存在该问题，但是也是需要按照正确的操作来迁移目录。
# 使用mv命令
$ sudo mv /var/lib/docker /data/docker
# 使用cp命令
$ sudo cp -arv /data/docker /data2/docker
下图中，就是因为启动的容器使用的是普通用户运行进程的，且在运行当中需要使用 /tmp 目录，结果提示没有权限。在我们导入容器镜像的时候，其实是会将容器启动时需要的各个目录的权限和属性都赋予了。如果我们直接是 cp 命令单纯复制文件内容的话，就会出现属性不一致的情况，同时还会有一定的安全问题。
2. Docker 设备空间不足
Increase Docker container size from default 10GB on rhel7.
[问题起因一] 容器在导入或者启动的时候，如果提示磁盘空间不足的，那么多半是真的因为物理磁盘空间真的有问题导致的。如下所示，我们可以看到 / 分区确实满了。
# 查看物理磁盘空间
$ df -Th
Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
/dev/vda1 40G 40G 0G 100% /
tmpfs 7.8G 0 7.8G 0% /dev/shm
/dev/vdb1 493G 289G 179G 62% /mnt
如果发现真的是物理磁盘空间满了的话，就需要查看到底是什么占据了如此大的空间，导致因为容器没有空间无法启动。其中，docker 自带的命令就是一个很好的能够帮助我们发现问题的工具。
# 查看基本信息
# 硬件驱动使用的是devicemapper，空间池为docker-252
# 磁盘可用容量仅剩16.78MB，可用供我们使用
$ docker info
Containers: 1
Images: 28
Storage Driver: devicemapper
Pool Name: docker-252:1-787932-pool
Pool Blocksize: 65.54 kB
Backing Filesystem: extfs
Data file: /dev/loop0
Metadata file: /dev/loop1
Data Space Used: 1.225 GB
Data Space Total: 107.4 GB
Data Space Available: 16.78 MB
Metadata Space Used: 2.073 MB
Metadata Space Total: 2.147 GB
[解决方法] 通过查看信息，我们知道正是因为 docker 可用的磁盘空间不足，所以导致启动的时候没有足够的空间进行加载启动镜像。解决的方法也很简单，第一就是清理无效数据文件释放磁盘空间(清除日志)，第二就是修改 docker 数据的存放路径(大分区)。
# 显示哪些容器目录具有最大的日志文件
$ du -d1 -h /var/lib/docker/containers | sort -h
# 清除您选择的容器日志文件的内容
$ cat /dev/null > /var/lib/docker/containers/container_id/container_log_name
[问题起因二] 显然我遇到的不是上一种情况，而是在启动容器的时候，容器启动之后不久就显示是 unhealthy 的状态，通过如下日志发现，原来是复制配置文件启动的时候，提示磁盘空间不足。
后面发现是因为 CentOS7 的系统使用的 docker 容器默认的创建大小就是 10G 而已，然而我们使用的容器却超过了这个限制，导致无法启动时提示空间不足。
2019-08-16 11:11:15,816 INFO spawned: 'app-demo' with pid 835
2019-08-16 11:11:16,268 INFO exited: app (exit status 1; not expected)
2019-08-16 11:11:17,270 INFO gave up: app entered FATAL state, too many start retries too quickly
cp: cannot create regular file '/etc/supervisor/conf.d/grpc-app-demo.conf': No space left on device
cp: cannot create regular file '/etc/supervisor/conf.d/grpc-app-demo.conf': No space left on device
cp: cannot create regular file '/etc/supervisor/conf.d/grpc-app-demo.conf': No space left on device
cp: cannot create regular file '/etc/supervisor/conf.d/grpc-app-demo.conf': No space left on device
[解决方法 1] 改动 docker 启动配置文件
# /etc/docker/daemon.json
{
"live-restore": true,
"storage-opt": [ "dm.basesize=20G" ]
}
[解决方法 2] 改动 systemctl 的 docker 启动文件
# 1.stop the docker service
$ sudo systemctl stop docker
# 2.rm exised container
$ sudo rm -rf /var/lib/docker
# 2.edit your docker service file
$ sudo vim /usr/lib/systemd/system/docker.service
# 3.find the execution line
ExecStart=/usr/bin/dockerd
and change it to:
ExecStart=/usr/bin/dockerd --storage-opt dm.basesize=20G
# 4.start docker service again
$ sudo systemctl start docker
# 5.reload daemon
$ sudo systemctl daemon-reload
[问题起因三] 还有一种情况也会让容器无法启动，并提示磁盘空间不足，但是使用命令查看发现并不是因为物理磁盘真的不足导致的。而是，因为对于分区的 inode 节点数满了导致的。
# 报错信息
No space left on device
[解决方法] 因为 ext3 文件系统使用 inode table 存储 inode 信息，而 xfs 文件系统使用 B+ tree 来进行存储。考虑到性能问题，默认情况下这个 B+ tree 只会使用前 1TB 空间，当这 1TB 空间被写满后，就会导致无法写入 inode 信息，报磁盘空间不足的错误。我们可以在 mount 时，指定 inode64 即可将这个 B+ tree 使用的空间扩展到整个文件系统。
# 查看系统的inode节点使用情况
$ sudo df -i
# 尝试重新挂载
$ sudo mount -o remount -o noatime,nodiratime,inode64,nobarrier /dev/vda1
[补充知识] 文件储存在硬盘上，硬盘的最小存储单位叫做 扇区(Sector)。每个扇区储存 512 字节(相当于0.5KB)。操作系统读取硬盘的时候，不会一个个扇区地读取，这样效率太低，而是一次性连续读取多个扇区，即一次性读取一个块(block)。这种由多个扇区组成的块，是文件存取的最小单位。块的大小，最常见的是4KB，即连续八个 sector 组成一个 block 块。文件数据都储存在块中，那么很显然，我们还必须找到一个地方储存文件的元信息，比如文件的创建者、文件的创建日期、文件的大小等等。这种储存文件元信息的区域就叫做索引节点(inode)。每一个文件都有对应的 inode，里面包含了除了文件名以外的所有文件信息。
inode 也会消耗硬盘空间，所以硬盘格式化的时候，操作系统自动将硬盘分成两个区域。一个是数据区，存放文件数据；另一个是 inode 区(inode table)，存放 inode 所包含的信息。每个 inode 节点的大小，一般是 128 字节或 256 字节。inode 节点的总数，在格式化时就给定，一般是每1KB或每2KB就设置一个 inode 节点。
# 每个节点信息的内容
$ stat check_port_live.sh
File: check_port_live.sh
Size: 225 Blocks: 8 IO Block: 4096 regular file
Device: 822h/2082d Inode: 99621663 Links: 1
Access: (0755/-rwxr-xr-x) Uid: ( 1006/ escape) Gid: ( 1006/ escape)
Access: 2019-07-29 14:59:59.498076903 +0800
Modify: 2019-07-29 14:59:59.498076903 +0800
Change: 2019-07-29 23:20:27.834866649 +0800
Birth: -
# 磁盘的inode使用情况
$ df -i
Filesystem Inodes IUsed IFree IUse% Mounted on
udev 16478355 801 16477554 1% /dev
tmpfs 16487639 2521 16485118 1% /run
/dev/sdc2 244162560 4788436 239374124 2% /
tmpfs 16487639 5 16487634 1% /dev/shm
3. Docker 缺共享链接库
Docker 命令需要对/tmp 目录下面有访问权限
[问题起因] 给系统安装完 compose 之后，查看版本的时候，提示缺少一个名为 libz.so.1 的共享链接库。第一反应就是，是不是系统少安装那个软件包导致的。随即，搜索了一下，将相关的依赖包都给安装了，却还是提示同样的问题。
# 提示错误信息
$ docker-compose --version
error while loading shared libraries: libz.so.1: failed to map segment from shared object: Operation not permitted
[解决方法] 后来发现，是因为系统中 docker 没有对 /tmp 目录的访问权限导致，需要重新将其挂载一次，就可以解决了。
# 重新挂载
$ sudo mount /tmp -o remount,exec
4. Docker 容器文件损坏
对 dockerd 的配置有可能会影响到系统稳定
[问题起因] 容器文件损坏，经常会导致容器无法操作。正常的 docker 命令已经无法操控这台容器了，无法关闭、重启、删除。正巧，前天就需要这个的问题，主要的原因是因为重新对 docker 的默认容器进行了重新的分配限制导致的。
# 操作容器遇到类似的错误
b'devicemapper: Error running deviceCreate (CreateSnapDeviceRaw) dm_task_run failed'
[解决方法] 可以通过以下操作将容器删除/重建。
# 1.关闭docker
$ sudo systemctl stop docker
# 2.删除容器文件
$ sudo rm -rf /var/lib/docker/containers
# 3.重新整理容器元数据
$ sudo thin_check /var/lib/docker/devicemapper/devicemapper/metadata
$ sudo thin_check --clear-needs-check-flag /var/lib/docker/devicemapper/devicemapper/metadata
# 4.重启docker
$ sudo systemctl start docker
5. Docker 容器优雅重启
不停止服务器上面运行的容器，重启 dockerd 服务是多么好的一件事
[问题起因] 默认情况下，当 Docker 守护程序终止时，它会关闭正在运行的容器。从 Docker-ce 1.12 开始，可以在配置文件中添加 live-restore 参数，以便在守护程序变得不可用时容器保持运行。需要注意的是 Windows 平台暂时还是不支持该参数的配置。
# Keep containers alive during daemon downtime
$ sudo vim /etc/docker/daemon.yaml
{
"live-restore": true
}
# 在守护进程停机期间保持容器存活
$ sudo dockerd --live-restore
# 只能使用reload重载
# 相当于发送SIGHUP信号量给dockerd守护进程
$ sudo systemctl reload docker
# 但是对应网络的设置需要restart才能生效
$ sudo systemctl restart docker
[解决方法] 可以通过以下操作将容器删除/重建。
# /etc/docker/daemon.yaml
{
"registry-mirrors": ["https://vec0xydj.mirror.aliyuncs.com"], # 配置获取官方镜像的仓库地址
"experimental": true, # 启用实验功能
"default-runtime": "nvidia", # 容器的默认OCI运行时(默认为runc)
"live-restore": true, # 重启dockerd服务的时候容易不终止
"runtimes": { # 配置容器运行时
"nvidia": {
"path": "/usr/bin/nvidia-container-runtime",
"runtimeArgs": []
}
},
"default-address-pools": [ # 配置容器使用的子网地址池
{
"scope": "local",
"base":"172.17.0.0/12",
"size":24
}
]
}
$ vim /etc/docker/daemon.json
{
"default-address-pools" : [
{
"base" : "172.240.0.0/16",
"size" : 24
}
]
}
6. Docker 容器无法删除
找不到对应容器进程是最吓人的
[问题起因] 今天遇到 docker 容器无法停止/终止/删除，以为这个容器可能又出现了 dockerd 守护进程托管的情况，但是通过 ps -ef
# 删除容器
$ sudo docker rm -f f8e8c3..
Error response from daemon: Conflict, cannot remove the default name of the container
[解决方法] 找到 /var/lib/docker/containers/ 下的对应容器的文件夹，将其删除，然后重启一下 dockerd 即可。我们会发现，之前无法删除的容器没有了。
# 删除容器文件
$ sudo rm -rf /var/lib/docker/containers/f8e8c3...65720
# 重启服务
$ sudo systemctl restart docker.service
7. Docker 容器中文异常
容器存在问题话，记得优先在官网查询
[问题起因] 今天登陆之前部署的 MySQL 数据库查询，发现使用 SQL 语句无法查询中文字段，即使直接输入中文都没有办法显示。
# 查看容器支持的字符集
root@b18f56aa1e15:# locale -a
C
C.UTF-8
POSIX
[解决方法] Docker 部署的 MySQL 系统使用的是 POSIX 字符集。然而 POSIX 字符集是不支持中文的，而 C.UTF-8 是支持中文的只要把系统中的环境 LANG 改为 "C.UTF-8" 格式即可解决问题。同理，在 K8S 进入 pod 不能输入中文也可用此方法解决。
# 临时解决
docker exec -it some-mysql env LANG=C.UTF-8 /bin/bash
# 永久解决
docker run --name some-mysql \
-e MYSQL_ROOT_PASSWORD=my-secret-pw \
-d mysql:tag --character-set-server=utf8mb4 \
--collation-server=utf8mb4_unicode_ci
8. Docker 容器网络互通
了解 Docker 的四种网络模型
[问题起因] 在本机部署 Nginx 容器想代理本机启动的 Python 后端服务程序，但是对代码服务如下的配置，结果访问的时候一直提示 502 错误。
# 启动Nginx服务
$ docker run -d -p 80:80 $PWD:/etc/nginx nginx
server {
...
location /api {
proxy_pass http://localhost:8080
}
...
}
[解决方法] 后面发现是因为 nginx.conf 配置文件中的 localhost 配置的有问题，由于 Nginx 是在容器中运行，所以 localhost 为容器中的 localhost，而非本机的 localhost，所以导致无法访问。
可以将 nginx.conf 中的 localhost 改为宿主机的 IP 地址，就可以解决 502 的错误。
# 查询宿主机IP地址 => 172.17.0.1
$ ip addr show docker0
docker0: mtu 1500 qdisc noqueue state UP group default
link/ether 02:42:d5:4c:f2:1e brd ff:ff:ff:ff:ff:ff
inet 172.17.0.1/16 scope global docker0
valid_lft forever preferred_lft forever
inet6 fe80::42:d5ff:fe4c:f21e/64 scope link
valid_lft forever preferred_lft forever
server {
...
location /api {
proxy_pass http://172.17.0.1:8080
}
...
}
当容器使用 host 网络时，容器与宿主共用网络，这样就能在容器中访问宿主机网络，那么容器的 localhost 就是宿主机的 localhost 了。
# 服务的启动方式有所改变(没有映射出来端口)
# 因为本身与宿主机共用了网络，宿主机暴露端口等同于容器中暴露端口
$ docker run -d -p 80:80 --network=host $PWD:/etc/nginx nginxx
9. Docker 容器总线错误
总线错误看到的时候还是挺吓人了
[问题起因] 在 docker 容器中运行程序的时候，提示 bus error 错误。
# 总线报错
$ inv app.user_op --name=zhangsan
Bus error (core dumped)
[解决方法] 原因是在 docker 运行的时候，shm 分区设置太小导致 share memory 不够。不设置 --shm-size 参数时，docker 给容器默认分配的 shm 大小为 64M，导致程序启动时不足。具体原因还是因为安装 pytorch 包导致了，多进程跑任务的时候，docker 容器分配的共享内存太小，导致 torch 要在 tmpfs 上面放模型数据用于子线程的共享不足，就出现报错了。
# 问题原因
root@18...35:/opt/app# df -TH
Filesystem Type Size Used Avail Use% Mounted on
overlay overlay 2.0T 221G 1.4T 3% /
tmpfs tmpfs 68M 0 68M 0% /dev
shm tmpfs 68M 41k 68M 1% /dev/shm
# 启动docker的时候加上--shm-size参数(单位为b,k,m或g)
$ docker run -it --rm --shm-size=200m pytorch/pytorch:latest
# 在docker-compose添加对应配置
$ shm_size: '2gb'
[解决方法] 还有一种情况就是容器内的磁盘空间不足，也会导致 bus error 这样的报错，所以如果出现了，清除多余文件和目录或者分配一个大的磁盘空间，就可以解决了。
# 磁盘空间不足
$ df -Th
Filesystem Type Size Used Avail Use% Mounted on
overlay overlay 1T 1T 0G 100% /
shm tmpfs 64M 24K 64M 1% /dev/shm
10. Docker NFS 挂载报错
NFS 挂载之后容器程序使用异常为内核版本太低导致的
[问题起因] 我们将服务部署到 openshift 集群中，启动服务调用资源文件的时候，报错信息如下所示。从报错信息中，得知是在 Python3 程序执行 read_file() 读取文件的内容，给文件加锁的时候报错了。但是奇怪的是，本地调试的时候发现服务都是可以正常运行的，文件加锁也是没问题的。后来发现，在 openshift 集群中使用的是 NFS 挂载的共享磁盘。
# 报错信息
Traceback (most recent call last):
......
File "xxx/utils/storage.py", line 34, in xxx.utils.storage.LocalStorage.read_file
OSError: [Errno 9] Bad file descriptor
# 文件加锁代码
...
with open(self.mount(path), 'rb') as fileobj:
fcntl.flock(fileobj, fcntl.LOCK_EX)
data = fileobj.read()
return data
...
[解决方法] 从下面的信息得知，要在 Linux 中使用 flock() 的话，就需要升级内核版本到 2.6.11+ 才行。后来才发现，这实际上是由 RedHat 內核中的一个错误引起的，并在 kernel-3.10.0-693.18.1.el7 版本中得到修复。所以对于 NFSv3 和 NFSv4 服务而已，就需要升级 Linux 内核版本才能够解决这个问题。
# https://t.codebug.vip/questions-930901.htm
$ In Linux kernels up to 2.6.11, flock() does not lock files over NFS (i.e.,
the scope of locks was limited to the local system). [...] Since Linux 2.6.12,
NFS clients support flock() locks by emulating them as byte-range locks on the entire file.
11. Docker 使用默认网段
启动的容器网络无法相互通信，很是奇怪！
[问题起因] 我们在使用 Docker 启动服务的时候，发现有时候服务之前可以相互连通，而有时启动的多个服务之前却出现了无法访问的情况。究其原因，发现原来是因为使用的内部私有地址网段不一致导致的。有的服务启动到了 172.17 - 172.31 的网段，有的服务跑到了 192.169.0 - 192.168.224 的网段，这样导致服务启动之后出现无法访问的情况(默认情况下，有下面这个两个网段可供其使用)。
[解决方法] 上述问题的处理方式，就是手动指定 Docker 服务的启动网段，二选一就可以了。
# 查看docker容器配置
$ cat /etc/docker/daemon.json
{
"registry-mirrors": ["https://vec0xydj.mirror.aliyuncs.com"],
"default-address-pools":[{"base":"172.17.0.0/12", "size":24}],
"experimental": true,
"default-runtime": "nvidia",
"live-restore": true,
"runtimes": {
"nvidia": {
"path": "/usr/bin/nvidia-container-runtime",
"runtimeArgs": []
}
}
}
作者：escape
来源：https://www.escapelife.site/posts/43a2bb9b.html
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