百万次使用的高颜值在线绘图平台ImageGP系列教程

生信宝典

共 2495字,需浏览 5分钟

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2024-09-07 21:00



在线平台BIC (https://www.bic.ac.cn/BIC/#/, 点击阅读原文百度搜索皆可访问到)是 ImageGP的重构升级版,重构于2020年初。


该平台采用配置文件快速部署工具、生成结果或结果报告。其绘图和分析基于 R 语言(ImageGP 包, 在早期ImageGP脚本的基础上重新进行了封装, GitHub, Gitee)、Python 语言。


累积使用 70 万余次(15 分钟内的多次使用只算作 1 次计数),引用千次!


左侧导航目前包括:1. Professional plots in seconds; 2. Data transform and extraction; 3. Bioinformatics analysis; 4. Interactive visualization; 5. Resource.

1.1 功能部分

1.1.1 Professional plots in seconds

目前支持 16 种基本图形,包括热图、箱线图、富集分析泡泡图、柱状图、火山图、PcOA 分析、Venn 图、直方图、线图等。每种图根据复杂度不同,有数目不一的可调节参数,可组合出很多复合图形。

1.1.2 Data transform and extraction

常见数据格式转换,如宽矩阵转长矩阵、长矩阵转宽矩阵、合并矩阵、矩阵膨胀等功能。

1.1.3 Bioinformatics analysis

生物信息分析部分包括常见的分析工具如 WGCNA共表达网络分析、LEfSe 特征物种鉴定、Limma 差异基因/物种分析、多序列比对、FASTA 处理、RNA 翻译、正则匹配和空间关系等工具,更多工具也在不断完善中。

1.1.4 Interactive view

这是最近尝试的基于 D3.js 的交互式图系列,目前只有进化树展示和多序列比对展示,后面会陆续更新更多交互式图。

1.1.5 Text and video tutorial

这里包括网站使用帮助、常用教程、经典书籍、网址导航等内容,正在陆续更新中。

Send error logs 再升级,提示信息更明显。遇到报错时直接点击按钮,发送错误信息,我们会对接处理。

(最开始按钮上提示文字是 Send error log,有的用户出错了也不知道点,也有的用户问点了会做什么。想了一下,确实没表达清楚意思,没把自己的完整意思都说出来,直说要发,没说发了之后做什么。这也是常见问题,说话留一半,以后在开发工具时需要注意。)



最全植物基因组数据库IMP (点击图片直达)

往期精品(点击图片直达文字对应教程)

机器学习




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