Rust-Bio生物信息学工具库
Rust-Bio 是一个使用 Rust 实现的生物信息学工具库。Rust-Bio 包括大量的算法和数据结构，对生物信息学非常有帮助。Rust-Bio 通过持续集成进行测试，值得信赖。
当前 Rust-Bio 提供：
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大部分主要模式匹配算法
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一个方便的字母表实现
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两两配对
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后缀数组
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BWT 和 FM-Index
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q-gram 索引
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rank/select 数据结构
示例：
// Import some modules
use bio::alphabets;
use bio::data_structures::suffix_array::suffix_array;
use bio::data_structures::bwt::bwt;
use bio::data_structures::fmindex::FMIndex;
use bio::io::fastq;
// Create an FM-Index for a given text.
let alphabet = alphabets::dna::iupac_alphabet();
let pos = suffix_array(text);
let bwt = bwt(text, &pos);
let fmindex = FMIndex::new(&bwt, 3, &alphabet);
// Iterate over a FASTQ file, use the alphabet to validate read
// sequences and search for exact matches in the FM-Index.
let reader = fastq::Reader::from_file("reads.fastq");
for record in reader.records() {
let seq = record.seq();
if alphabet.is_word(seq) {
let interval = fmindex.backward_search(seq.iter());
let positions = interval.occ(&pos);
}
}评论