AlphaFold 是 DeepMind 开源的人工智能系统，借助 AlphaFold 可以更加准确的预测蛋白质的形状。主要应用于医疗保健和生命科学领域，有可能加速药物的研究与发现。

首次设置

要想运行AlphaFold，需要进行以下步骤：

• 安装 Docker；
  • 安装英伟达容器工具包以支持 GPU；
  • 设置以非 root 用户身份运行 Docker；
• 下载遗传数据库；
• 下载模型参数；
• 检查 AlphaFold 是否能够通过运行来使用 GPU；

  docker run --rm --gpus all nvidia/cuda:11.0-base nvidia-smi

遗传数据库

这一步需要在你的机器上安装 rsync 和 aria2c，AlphaFold 需要多个遗传（序列）数据库来运行。

• UniRef90；
• MGnify；
• BFD；
• Uniclust30；
• PDB70；
• PDB（mmCIF 格式的结构）；

提供一个脚本 scripts/download_all_data.sh，可以用来下载和设置所有这些数据库。这应该需要8-12小时。

注意：总下载量约为 428 GB，解压后总大小为 2.2 TB。请确保你有足够大的硬盘空间、带宽和时间来下载。